SARS-CoV-2: Насколько серьезен вариант B.1.1.529, теперь названный Omicron

О варианте B.1.1.529 впервые было сообщено в ВОЗ из Южной Африки 24 августа.^th Ноябрь 2021 г. Первая подтвержденная подтвержденная инфекция B.1.1.529 была обнаружена в образце, взятом 9^th Ноябрь 2021¹. Другой источник² указывает на то, что этот вариант был впервые обнаружен в образцах, собранных 11 ноября.^th Ноябрь 2021 года в Ботсване и 14 ноября.^th Ноябрь 2021 года в ЮАР. С тех пор количество случаев COVID-19 резко возросло почти во всех провинциях Южной Африки. Как на 27^th В ноябре 2021 г. новые случаи этого варианта также зарегистрированы в Бельгии, Гонконге, Израиле, Великобритании.³, Германия, Италия и Чехия, которые по происхождению связаны с путешествиями.  

Благодарим власти Южной Африки за то, что они не нашли времени на общение и обмен соответствующей информацией с мировым научным сообществом, так что группа экспертов ВОЗ смогла встретиться 26 марта.^th В ноябре 2021 г. и быстро обозначить этот вариант как вариант, вызывающий озабоченность (VOC). О серьезности вопроса можно судить по тому факту, что B.1.1.529 был обозначен как вариант, находящийся под наблюдением (VUM) всего два дня назад, 24.^th Ноябрь 2021 года, а 26 марта - ЛОС.^th Ноябрь 2021 г., не будучи обозначенным первым как вариант, находящийся в стадии расследования (VOI).  

Таблица: SARS-CoV-2, вызывающие озабоченность варианты (ЛОС) по состоянию на 26 ноября 2021 г. 

Срочность обозначения B.1.1.529 в качестве варианта, вызывающего озабоченность (VOC), была оправдана, поскольку было обнаружено, что этот вариант на сегодняшний день является наиболее расходящимся вариантом SARS-CoV-2. По сравнению с вирусом SARS-CoV-2, первоначально обнаруженным в Ухане, Китай, он имеет до 30 аминокислотных замен, 3 небольших делеции и 1 небольшую вставку в спайк-белке. Из этих изменений 15 расположены в рецепторсвязывающем домене (RBD), части вируса, которая позволяет ему проникать в клетки человека, что приводит к инфекции. Этот вариант также имеет ряд изменений и делеций в других областях генома.². Мутации настолько обширны, что его можно было бы назвать новым штаммом, а не вариантом. Невероятно большое количество спайковых мутаций означает повышенную вероятность ухода от известных антител, что делает этот вариант предметом серьезной озабоченности.⁵.  

Переход на новые варианты - обычное дело для коронавирусов. Коронавирусы всегда подвергались мутации в своих геномах с чрезвычайно высокой скоростью из-за отсутствия проверки нуклеазной активности их полимераз; чем больше передача, тем больше ошибок репликации и, следовательно, в геноме накапливается больше мутаций, что приводит к новым вариантам. В новейшей истории человеческие коронавирусы накапливают мутации, чтобы создать новые варианты. Было несколько вариантов, ответственных за эпидемии с 1966 года, когда был зафиксирован первый эпизод.⁶. Но почему такая обширная мутация за один всплеск? Может быть, потому что вариант B.1.1.529 развился во время хронической инфекции человека с ослабленным иммунитетом, возможно, у нелеченного пациента с ВИЧ / СПИДом.⁷.  

Что бы ни было причиной обширных мутаций, если быстрая скорость его распространения в Южной Африке является каким-либо признаком, эволюция этого варианта может иметь огромное влияние на иммунитет, трансмиссивность, вирулентность и эффективность существующих вакцин, используемых в настоящее время.  

Останутся ли существующие вакцины эффективными против этого нового варианта или будет больше случаев вакцинационных прорывных инфекций, в настоящее время имеется мало данных, чтобы сделать какой-либо вывод. Однако в недавнем исследовании синтетический вариант с 20 мутациями в спайковом белке показал почти полное ускользание от антител.⁷. Это указывает на то, что новый вариант B.1.1.529 с гораздо большим количеством мутаций может показывать значительно сниженную нейтрализацию антителами. Новый вариант, однако, кажется более распространенным, учитывая высокую скорость, с которой он заменил вариант Дельта в Южной Африке, хотя текущих данных недостаточно, чтобы сделать какую-либо надежную оценку. Точно так же на данном этапе невозможно прокомментировать серьезность симптомов.  

Принимая во внимание тот факт, что в Европе за последние несколько недель уже наблюдается необычно большое количество случаев COVID 19 (из-за высоконаследственного дельта-варианта), а также высокая скорость, с которой Омикрон (B.1.1.529) вариант распространился в Южной Африке, недавно заменив вариант дельты, несколько стран Европы, включая Великобританию, Германию и Италию, ввели ограничения на поездки для прибывающих из Южной Африки и из соседних стран, таких как Ботсвана, Малави, Мозамбик, Замбия и Ангола. Опасаясь худшего, Израиль запретит въезд посетителям из всех стран.  

Мир вложил так много средств в разработку и внедрение вакцин против COVID-19 для защиты людей от пандемии. Вопрос, который волнует как ученых, так и представителей власти, заключается в том, останутся ли основные вакцины против COVID-19, такие как Pfizer – BioNTech, Oxford – AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson, эффективными и против варианта Omicron (B.1.1.529). . Это вызвано тем фактом, что в Южной Африке зарегистрированы прорывные инфекции. Два случая в Гонконге также получили дозы вакцины.⁹. 

Разработка «панкоронавирусных» вакцин¹⁰ (платформы для мультивалентных вакцин¹¹) кажется потребностью часа. Но, возможно, быстрее можно будет быстро произвести бустерные дозы мРНК и ДНК-вакцин, покрывающих мутации. Кроме того, недавно утвержденный противовирусные (Молнупиравир от Merck и Паксловид от Pfizer) должны пригодиться для защиты людей от госпитализации и смерти.   

Ссылки:  

1. ВОЗ 2021. Новости - Классификация омикрона (B.1.1.529): тревожный вариант SARS-CoV-2. Опубликовано 26 ноября 2021 г. Доступно в Интернете по адресу https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. Последствия появления и распространения SARSCoV-2 B.1.1. 529 вариант концерна (Omicron), для ЕС / ЕЭЗ. 26 ноября 2021 г. ECDC: Стокгольм; 2021. Доступно на сайте https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. Правительство Великобритании, 2021 г. Пресс-релиз – Выявлены первые случаи заболевания вариантом Омикрона в Великобритании. Опубликовано 27 ноября 2021 г. Доступно по адресу: https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. ВОЗ, 2021. Отслеживание вариантов SARS-CoV-2. Доступно в Интернете по адресу https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Томас Пикок: потомок B.1.1, связанный с Южной Африкой с большим количеством мутаций Spike # 343. Доступно в Интернете по адресу https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Прасад U.2021. Варианты коронавируса: что мы знаем до сих пор. Научный европеец. Размещено 12 июля 2021 г. Доступно в Интернете по адресу https://www.scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. ГАВИ 2021. Работа с вакцинами. Что мы знаем о новом варианте коронавируса B.1.1.529 и стоит ли нам беспокоиться? Можно купить в https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Высокий генетический барьер для выхода поликлональных нейтрализующих антител SARS-CoV-2. Природа (2021 г.). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. Сильно мутировавший вариант коронавируса настораживает ученых. Природа Nовцы. Обновлено 27 ноября 2021 г. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Сони Р. 2021. Вакцины «Пан-коронавирус»: РНК-полимераза становится мишенью для вакцины. Научный европеец. Опубликовано 16 ноября 2021 г. Доступно на https://www.scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Пресс-релиз - NIAID присуждает новые награды для финансирования вакцины против «пан-коронавируса». Размещено 28 сентября 2021 г. Доступно по адресу https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines