Какапо Попугай: преимущества геномного секвенирования Программа сохранения

Какапо (также известный как «совиный попугай » из-за сходства черт лица с совиными) — это находящийся под угрозой исчезновения вид попугаев, обитающий в Новой Зеландии . Это необычное животное, поскольку оно является самой долгоживущей птицей в мире (может дожить до 90 лет). Весящий около 3-4 кг, это также самый тяжелый, единственный нелетающий и ночной попугай в мире.

Какапо обитали в Новой Зеландии с момента своей эволюции в условиях изоляции , но их популяция быстро сокращалась. В 1970-х годах было известно всего о 18 самцах какапо. Существование самок какапо было подтверждено в 1980 году. Благодаря интенсивным мерам по сохранению, попугаи какапо были спасены от грани вымирания. В 1995 году их численность составляла 51 особь. Сегодня в живых осталось 247 какапо ^1,2.

Для содействия сохранению вида в 2015 году был запущен проект Kākāpō125+, целью которого было секвенирование геномов 125 ныне живущих какапо, а также нескольких важных недавно умерших особей. Идея заключалась в улучшении генетического управления какапо, в частности, для решения проблем низкой репродуктивной способности (бесплодия) и заболеваний, препятствующих восстановлению популяции. Полная сборка референсного генома отдельной особи какапо на уровне хромосом была завершена в 2018 ^году³.

В исследовании, опубликованном 29 ^{августа} 2023 года, исследовательская группа сообщила о секвенировании геномов почти всей популяции какапо (по состоянию на 2018 год), состоящей из 169 особей, полученных от 125 живых особей и 44 хранящихся образцов. Данные на уровне популяции связывают генетическое разнообразие вида со специфическими последовательностями ДНК, связанными с такими признаками, как восприимчивость к болезням, рост птенцов и т. д. Это может помочь выявлять риски для здоровья на ранних стадиях, чтобы планировать лечение, адаптированное к каждой отдельной птице какапо. Такой подход к выявлению специфических генетических особенностей, имеющих решающее значение для выживания, может быть использован для управления сохранением других исчезающих видов ^4,5.

Ссылки:  

1. Департамент консервации. Правительство Новой Зеландии. Какапо Восстановление. Доступны на  https://www.doc.govt.nz/our-work/kakapo-recovery/ 

2. Музей естественной истории. Причудливые какапо Новой Зеландии оказались на грани исчезновения. https://www.nhm.ac.uk/discover/new-zealands-quirky-kakapo-are-pulled-back-from-extinction.html 

3. Департамент консервации. Правительство Новой Зеландии. Секвенирование гена Какапо125+ https://www.doc.govt.nz/our-work/kakapo-recovery/what-we-do/research-for-the-future/kakapo125-gene-sequencing/ 

4. Университет Отаго, 2023 г. Новости – Спасение видов от вымирания – высококачественное секвенирование популяций какапо обеспечивает прорыв в понимании ключевых природоохранных генетик. Доступны на https://www.otago.ac.nz/news/otago0247128.html По состоянию на 29 августа 2023 г.  

5. Гулин Дж., Ле Лек М.Ф., Уолд Дж. и др. Общевидовая геномика какапо предоставляет инструменты для ускорения выздоровления. Нат Эколь Эвол (2023). https://doi.org/10.1038/s41559-023-02165-y  Препринт на bioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/2022.10.22.513130